کتاب مدينةالعلم را که أبو جعفر محمد بن على ابن بابويه خود در عيون اخبار الرضا(ع) به عنوان يکي از تأليفاتش از آن ياد ميکند، نجاشی ،شيخ طوسی و ابن شهرآشوب از جمله آثار وي بر شمردهاند. شيخ طوسي احاديث آنرا بيشتر از من لا يحضره الفقيه دانسته و ابن شهرآشوب آنرا داراي ده جزء گزارش ميکند. علامه حلي در منتهي المطلب، شهيد اول در ذکري، سيد بن طاووس در فلاح السائل و يوسف ابن حاتم عاملي از شاگرادان محقق حلي و ابن طاووس در الدرالنظيم في مناقب الأئمة اللهاميم بلاواسطه از مدينةالعلم احاديثي را نقل نمودهاند. گفتني است که ابن حاتم کتاب النبوة شيخ صدوق را نيز که هماکنون مفقود است، در اختيار داشته است. اين کتاب ظاهراً تا اواخر قرن نهم يعني در روزگار حسين بن عبدالصمد عاملي پدر شيخ بهايي نيز در دسترس بودهاست. وي در رساله وصول الأخيار إالي أصول الأخبار، مدينةالعلم را در کنار کتب اربعه، يکي از اصول خمسه ميشمارد. علاوه محمد تقي مجلسي نيز در روضةالمتقين از استادش شيخ بهايي نقل ميکند که اين کتاب نفیس را در اختيار داشتهاست. وي همچنين پس از اشاره به سخنان حسين بن عبدالصمد عاملي در رساله وصول الأخيار، ميافزايد که با اين حال خود اين اثر را نديده و نهايتاً نتيجه ميگيرد که پدر و پسر کتاب را در اختيار داشته و لکن پس از آنان از دسترفته است. کما اينکه به نقل مرحوم مجلسي، شيخ بهايي تعداد کتابهايش را قريب به هزار مجلد ميدانسته، در حالي که پس از وي حدود هفتصد کتاب بيشتر به جاي نمانده بود. انديشه بازيابي اين گوهر مفقود محمد باقر مجلسي را نيز آرام نگذاشت. او که در صدد جمع مصادر بحار همتي تمام داشت، بر اساس حکايتي که در متن اجازهاي از سيد عبدالله جزائري به نقل از جدش سيد نعمتالله جزائري آمده است، با خبر يافتن از وجود نسخهاي از مدينةالعلم در سرزمين يمن، با مدد از سلطان وقت کوشش بسيار نمود. پس از علامه مجلسي نيز، گزارشهايي از تلاش بزرگاني همچون حجتالإسلام سيد محمد باقر شفتی که با صرف توان و هزينه بسيار در پي يافتن اثري از اين کتاب بودهاند، رسيدهاست. مرحوم آقا بزرگ تهراني پس از اشاره به چنين تلاشهايي، تنها و آخرين نشاني بازمانده از کتاب را از زبان شخصي به نام سيد معين الدين سقاقلي حيدرآبادي روايت ميکند.
