صدوق در جای جای آثارش احادیث و آیات قرآن را که ظاهری مخالف با عقل دارد با سنجه عقل می سنجد و با تیشه تأویل می تراشد و به هماهنگی آنها با منظومه فکری امامیه و امامان اهل بیت(ع) دست می زند. آیاتی مانند نسبت دادن اعضا و لوازم جسمی به خدا، تشبیه، جبر و رؤیت خدا که همگی عقلا تأویل پذیر است و صدوق با تأویل عقلی آنها را تبیین و تفسیر می کند. وی در تفسیر و معنای آیات متشابه قرآن از اوصاف ذاتی خدا استفاده می کند. او برای «ید» که در قرآن آمده «نعمت» را جایگزین کرده و رؤیت ظاهری را به علم و بصیرت قلبی تأویل کرده است. صدوق با نقل روایتی از علی(ع) می نویسد دستورهای پیامبر(ص) هم مانند قرآن، ناسخ و منسوخ و خاص و عام و محکم و متشابه دارد. او در ادامه این روایت طولانی را که چکیده اش نقل می شود ،می نویسد: «کسی که مقصود خدا و پیامبرش را نفهمد و درک نکند بر او مشتبه می شود. همه اصحاب رسول خدا هم از او سؤال نمی کردند و فقط من (علی ع) بودم که شب یک نوبت و روز یک نوبت تنهایی به محضر رسول خدا می رسیدم و سؤالاتم را از ایشان می پرسیدم و اگر من نمی پرسیدم او با من سخن میگفت تا اینکه هر آنچه خداوند به او آموخت او نیز آن را به من آموخت» عقلا اتفاق دارند بر اینکه اگر کسی به صورت طولانی و با پرسش و دقت ملازم عالمی باشد از علم او بهره مند می شود و فهم عمیق و عاقلانه ای از علم او نصیبش می گردد. همچنین، اگر کسی حضور بیشتری برای آموختن داشته باشد رفتاری عقلانی انجام داده است. امام صادق(ع) می فرماید: «شیعیان ما کسانی هستند که آنچه زیبا است انجام می دهند و از آنچه زشت و قبیح است خودداری می ورزند. زیبایی را ظاهر می سازند و به امور بزرگ تسریع می کنند، به امید رحمت بزرگ. پس چنین کسانی از ما و در جهت ما و همراه ما هستند، هر کجا که ما باشیم» . صدوق علاوه بر استنباط و استدلال در فهم متون و کشف بطون مسائل علمی در عمل نیز به روش عقلی رفتار کرده است که خیلی از آن اقدامات کاملا در مدار رفتار و سیره عملی نبی مکرم اسلام و ائمه هدی(ع) است.
